สำนักงานเลขานุการกองทัพเรือ แม้จะไม่ได้เป็นหน่วยกำลังขนาดใหญ่ แต่นับได้ว่าเป็นหน่วยงานที่มีบทบาท สำคัญยิ่งหน่วยหนึ่งในกองทัพเรือ เนื่องด้วยเป็นหน่วยงานที่มีภารกิจหน้าที่เกี่ยวข้องกับผู้บังคับบัญชาระดับสูงในกองทัพเรือ แรกเริ่มเดิมที เมื่อครั้ง กองทัพเรือมีฐานะเป็นกระทรวงทหารเรือ ยังไม่มีสำนักงานเลขานุการกองทัพเรือแต่มีหน่วยงานที่ทำหน้าที่คล้ายกันคือ กรมปลัดทัพเรือ มีปลัดทัพเรือหรือปลัดทูลฉลอง เป็นผู้บังคับบัญชามาจนถึง พ.ศ.2474 เมื่อ กระทรวงทหารเรือไปรวมอยู่กับ กระทรวงกลาโหม เมื่อ พ.ศ.2475 แล้วกรมปลัดทัพเรือก็หายไปมีแต่ “กองบังคับการกองทัพเรือ” ขึ้นมาเป็นหน่วยทำหน้าที่แทนจนกระทั่งถึงปี พ.ศ.2496 ทางราชการได้รื้อพื้นของเดิมโดยตั้งเป็น “สำนักงานปลัดทัพเรือ” อีกครั้งหนึ่งไว้ในอัตรากำลังกองทัพเรือ และได้ใช้ตึกสร้างใหม่ตรง กองบังคับการโรงเรียนนายเรือเดิมเป็นที่ทำการ
ปี พ.ศ.2498 ได้มีการปรับปรุงหน้าที่ราชการกองทัพเรือใหม่ ตามพระราชกฤษฎีกา จัดวางระเบียบราชการกองทัพเรือในกระทรวงกลาโหม พ.ศ.2498 วันที่ 2 กุมภาพันธ์ 2498 ดังนั้นกองทัพเรือ ถือเอาวันที่ 2 กุมภาพันธ์ ของทุกปี เป็นวันคล้ายวันสถาปนาสำนักงานเลขานุการกองทัพเรือ ในปีนี้นับเป็นปีที่ 62 ของการจัดตั้งสำนักงานเลขานุการกองทัพเรือ
ปัจจุบัน สำนักงานเลขานุการกองทัพเรือเป็นหน่วยขึ้นตรงกองทัพเรือ มีภารกิจหน้าที่ในการดำเนินการเกี่ยวกับงานเลขานุการและงานธุรการทั้งปวงของผู้บังคับบัญชาระดับสูง ได้แก่ ผู้บัญชาการทหารเรือ รองผู้บัญชาการทหารเรือ ผู้ช่วยผู้บัญชาการทหารเรือ เสนาธิการทหารเรือ รวมทั้งผู้ดำรงตำแหน่งอื่นตามที่ได้รับมอบหมาย จึงถือได้ว่าเป็นหน่วยงานที่จะช่วยให้การปฏิบัติงานต่าง ๆ ของผู้บังคับบัญชาระดับสูง เป็นไปด้วยความเรียบร้อย
นอกจากนั้นยังมีหน้าที่ในการส่งเสริมภาพลักษณ์ และการประชาสัมพันธ์ของกองทัพเรือ ผ่านสื่อต่าง ๆ ไปสู่สายตาประชาชน เพื่อให้เกิดความเข้าใจอันดีต่อภารกิจหลักและบทบาทของกองทัพเรือที่ปฏิบัติหน้าที่เพื่อความมั่นคงของชาติ การรักษาผลประโยชน์ของชาติทางทะเล และการช่วยเหลือประชาชนที่ประสบภัยด้วยความรวดเร็ว ถูกต้อง ทันเวลา โดยปัจจุบันมี พลเรือตรี พงศชาญ เพ็ชรเทศ เป็น เลขานุการกองทัพเรือ มี นาวาเอก จรัสเกียรติ ไชยพันธุ์ และ นาวาเอกกำจร เจริญเกียรติเป็นรองเลขานุการกองทัพเรือ
สำนักงานเลขานุการกองทัพเรือ ปัจจุบันตั้งอยู่ภายในกองบัญชาการกองทัพเรือ พระราชวังเดิม ประกอบด้วย กองเลขานุการ กองประชาสัมพันธ์ และ แผนกธุรการ โดย กองเลขานุการมีหน้าที่เกี่ยวกับ งานเลขานุการ และกิจการในส่วนที่เกี่ยวข้องกับการประชุมของ ผู้บัญชาการทหารเรือ เสนาธิการทหารเรือ และผู้ดำรงตำแหน่งอื่นตามที่ได้รับมอบหมาย ปัจจุบันมี นาวาเอก ปิยะศักดิ์ นิลนิมิตร เป็น ผู้อำนวยการกองเลขานุการ
กองประชาสัมพันธ์ มีหน้าที่ในการดำเนินการประชาสัมพันธ์ วางแผนอำนวยการ กำกับการและดำเนินการประชาสัมพันธ์ของกองทัพเรือ รวมทั้งการเผยแพร่วิทยาการและประสานงานในด้านการประชาสัมพันธ์ และเป็นศูนย์รวมการประชาสัมพันธ์ของกองทัพเรือ ปัจจุบันมี นาวาเอก พาสุกรี วิลัยรักษ์ เป็นผู้อำนวยการกองประชาสัมพันธ์ และ แผนกธุรการ มีหน้าที่ดำเนินการเกี่ยวกับ การธุรการ การสารบรรณ การกำลังพล การรักษาความปลอดภัย การส่งกำลังการบริการ ในสำนักงานเลขานุการกองทัพเรือ
เนื่องในวันคล้ายวันสถาปนาสำนักงานเลขานุการกองทัพเรือ สำนักงานเลขานุการกองทัพเรือได้จัดกิจกรรมขึ้นในช่วงเช้า ประกอบด้วย พิธีถวายเครื่องบวงสรวงสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราช บริเวณศาลสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราช ภายในบริเวณพระราชวังเดิม พิธีทำบุญทางศาสนา เพื่อความเป็นสิริมงคล แก่ข้าราชการ ที่สนามหน้าท้องพระโรง พระราชวังเดิม ภายในกองบัญชาการกองทัพเรือ เขตบางกอกใหญ่ กรุงเทพมหานคร โดยมี ผู้บังคับบัญชาระดับสูง ผู้แทนจากหน่วยต่าง ๆ อดีตเลขานุการกองทัพเรือ และข้าราชการ ทหารลูกจ้าง ในสำนักงานเลขานุการกองทัพเรือ เข้าร่วมพิธี
โอกาสที่สำนักงานเลขานุการกองทัพเรือ ถือกำเนิดมาครบ 62 ปี ในปี 2560 นี้ สำนักงานเลขานุการกองทัพเรือตลอดจนกำลังพลทุกนาย มีความมุ่งหมายและวิสัยทัศน์คือ “จะเป็นหน่วยงานชั้นนำด้านงานเลขานุการ งานรับรองผู้บังคับบัญชาระดับสูง ตลอดจนประชาสัมพันธ์เสริมสร้างภาพลักษณ์ที่ดี ให้เป็นที่เชื่อถือศรัทธาต่อกำลังพลกองทัพเรือและประชาชนทั่วไป”
