เมื่อเวลา 11.00 น. วันที่ 2 มิ.ย. ร.ต.อ.พิริยะ นุตราพันธ์ รอง สว.(สอบสวน) สภ.ทุ่งสง จ.นครศรีธรรมราช ได้รับแจ้งเหตุพระมรณภาพในกุฏิ สำนักสงฆ์ป่าสุวรรณคีรี บ้านในอ่าว ม.4 ต.ชะมาย อ.ทุ่งสง จึงรุดที่เกิดเหตุ พร้อมด้วย พ.ต.อ.คมสัน พฤศวานิช ผกก. พ.ต.ท.สมศักดิ์ แก้วแสน รอง ผกก.สส.เจ้าหน้าที่ชุดสืบสวนแพทย์เวร รพ.ทุ่งสง และเจ้าหน้าที่มูลนิธิสยามรวมใจปู่อินทร์รุดไปที่เกิดเหตุ
เมื่อไปถึงที่กุฏิดังกล่าว พบเป็นตึกยกสูงสองชั้นภายในห้อง พบศพพระอาจารย์วัชระ วัชรานนท์ อายุ 70 ปี ภูมิลำเนาเดิมอยู่หมู่ 5 ต.วังไผ่ อ.เมือง จ.ชุมพร นอนเสียชีวิตอยู่ที่พื้นห้องใกล้เตียง ในสภาพศพนอนหงาย แพทย์ทำการพลิกศพไม่พบบาดแผลหรือร่องรอยการถูกทำร้ายแต่อย่างใด คาดว่ามรณภาพมาแล้วไม่ต่ำกว่า 3 ชม. หลังชันสูตรพลิกศพ นำศพส่ง รพ.ทุ่งสง เพื่อพิสูจน์อย่างละเอียดอีกครั้ง
จากการสอบสวนของตำรวจทราบว่าพระอาจารย์วัชระ บวชเป็นพระมาหลายพรรษา ก่อนจะมาอยู่ที่สำนักสงฆ์ดังกล่าว โดยเดินทางออกธุดงค์จากวัดที่ จ.ชุมพร ไปทั่ว จนกระทั่งมาจำวัดอาศัยอยู่ที่สำนักสงฆ์แห่งนี้เป็นเวลาหลายปีแล้ว และเป็นที่เคารพนับถือจากชาวบ้านและประชาชนทั่วไป ซึ่งพักอาศัยอยู่ที่กุฏิดังกล่าวเพียงรูปเดียว และมีอาการไม่ค่อยสบายอยู่ ลูกศิษย์ก็ได้นำยาไปให้กินแล้ว
กระทั่งมาวันนี้ (2 มิ.ย.60) ลูกศิษย์เห็นว่าพระอาจารย์วัชระ ไม่ลงมาฉันเพลจึงตามขึ้นไปดูที่พัก ก็ต้องตกใจพบว่ามรณภาพแล้ว จึงแจ้งให้ตำรวจทราบในเวลาต่อมา เบื้องต้นทางตำรวจสันนิษฐานว่าขณะที่อยู่ตามลำพังพระอาจารย์วัชระ อาจจะป่วยและเป็นลมแล้วไม่สามารถช่วยเหลือตัวเองได้ ทำให้เสียชีวิต ซึ่งหลังจากชันสูตรพลิกศพเสร็จแล้ว จึงประสานงานให้ญาติทราบเพื่อมารับศพไปจัดการตามประเพณีต่อไป
