จากวิกฤตการแพร่ระบาดปลาหมอคางดำ มีการถกเถียงและติดตามหาตัวอย่างซากปลา ตามหาครีบปลาจากกรมประมงและเอกชนผู้นำเข้า เพื่อจะสืบสาวหาต้นตอการแพร่ระบาดว่าปลาหมอคางดำที่แพร่ระบาดอยู่ขณะนี้ว่าเป็นชุดเดียวกับที่มีการนำเข้ามาอย่างถูกต้องเมื่อปี 2553 หรือไม่นั้น ทั้งนี้เมื่อ 22 ก.ค.67 ที่ผ่านมา นายบัญชา สุขแก้ว อธิบดีกรมประมง เปิดเผยว่า ในปี 2560 เจ้าหน้าที่กรมประมงได้ขอเข้าตรวจสอบที่บ่อเพาะเลี้ยงของบริษัทเอกชน ที่ตำบลยี่สาร เพื่อหาสาเหตุเกี่ยวกับการระบาดของปลาหมอคางดำ และเจ้าหน้าที่ได้เก็บตัวอย่างครีบและชิ้นเนื้อของปลาหมอคางดำมาเก็บไว้ที่กรมประมง ต่อมากรมประมงได้ทำการตรวจสอบพบว่าปลาหมอคางดำทั้งจากที่ระบาดในช่วงปี 2560 และจากตัวอย่างที่เก็บมาได้มีพันธุกรรมที่ใกล้เคียงกัน ทั้งนี้ต่อมาไม่นานกรมประมงได้ออกมาเปิดเผยใหม่ว่าการเก็บตัวอย่างครีบปลาและชิ้นเนื้อของปลาหมอคางดำจากฟาร์มยี่สารนั้น เป็นการเก็บตัวอย่างจากบ่อพักในปี 2560 ไม่ใช่บ่อเพาะเลี้ยง และไม่มีดีเอ็นเอของปลาหมอคางดำที่นำเข้าในปี 2553
นอกจากนี้ ล่าสุด 1 ส.ค.67 ในการประชุมคณะอนุกรรมาธิการ พิจารณาศึกษาสาเหตุและแนวทางการแก้ไขปัญหา รวมถึงผลกระทบจากการนำเข้าปลาหมอคางดำ นิติกร กรมประมงได้ชี้แจงกับที่ประชุมฯว่าตัวอย่างปลาที่นำมาตรวจพันธุกรรมนั้นเป็นการเก็บตัวอย่างมาจากบ่อพักน้ำ ฟาร์มยี่สาร ไม่ใช่บ่อเพาะเลี้ยง อย่างที่เข้าใจผิดกันไป
รายงานข่าวระบุว่า เหตุการณ์เริ่มต้นจากปี 2560 เมื่อคณะกรรมการสิทธิมนุษยชนพบการระบาดของปลาหมอคางดำในพื้นที่สมุทรสงคราม กรมประมงจึงเข้าตรวจสอบฟาร์มยี่สาร แต่ไม่พบปลาหมอคางดำในบ่อเลี้ยง เจ้าหน้าที่จึงสุ่มตัวอย่างจากบ่อพักน้ำโดยการเหวี่ยงแหจับปลา ซึ่งบ่อพักน้ำนี้เป็นส่วนที่เชื่อมต่อกับแหล่งน้ำธรรมชาติ โดยน้ำในบ่อพักน้ำจะถูกกรองและฆ่าเชื้อก่อนนำมาใช้ในฟาร์ม
