เมื่อช่วงบ่ายวันอาทิตย์ที่ 26 พ.ค. ที่ พระอุโบสถวัดสระเกศ เขตป้อมปราบศัตรูพ่าย กรุงเทพฯ นายพิชิต ชื่นบาน รมต.ประจำสำนักนายกรัฐมนตรี พร้อมคณะเจ้าหน้าที่สำนักอาลักษณ์และเครื่องราชอิสริยาภรณ์ และเจ้าหน้าที่สำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ ตั้งขบวนเชิญหิรัญบัฏ พัดยศ และเครื่องประกอบสมณศักดิ์รองสมเด็จพระราชาคณะ ถวายแด่ พระพรหมสิทธิ (ธงชัย สุขญาโณ) เชิญสัญญาบัตร พัดยศ และถวายแด่ พระศรีคุณาภรณ์ (บุญทวี คำมา) โดยมีคณะสงฆ์และคณะศิษยานุศิษย์เข้าร่วมพิธี
โดยขบวนเชิญหิรัญบัฏ พัดยศ และเครื่องประกอบสมณศักดิ์ เคลื่อนเข้าสู่พระอุโบสถ พระพรหมสิทธิ จุดธูปเทียนบูชาพระรัตนตรัย จากนั้น นายพิชิตอ่านประกาศพระราชกิจจานุเบกษาสถาปนาสมณศักดิ์และพระราชทานสัญญาบัตรตั้งสมณศักดิ์ นายสมชาย พฤฒิกัลป์ ผู้ทรงคุณวุฒิด้านราชการในพระองค์ สำนักเลขาธิการคณะรัฐมนตรี ถวายสัญญาบัตรแด่พระพรหมสิทธิ และนายอินทพร จั่นเอี่ยม ผอ.สำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ ถวายพัดยศแด่พระพรหมสิทธิ
ลำดับต่อมา เจ้าหน้าที่จึงได้ถวายสัญญาบัตรพัดยศแด่พระศรีคุณาภรณ์ และพระครูสิริวิหารการ ตามลำดับ
ภายหลังเสร็จพิธี คณะสงฆ์และคณะศิษยานุศิษย์เป็นจำนวนมากเข้าถวายมุทิตาแด่พระพรหมสิทธิ
สำหรับกรณีพระพรหมสิทธิ ถือเป็นคดีเงินทอนวัดสะเทือนวงการสงฆ์ ย้อนไปเมื่อกลางปี พ.ศ.2561 พ.ต.ท.พงศ์พร พราหมณ์เสน่ห์ ผอ.สำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ (ขณะนั้น) เดินทางไปร้องทุกข์กล่าวโทษคดีทุจริตในพื้นที่กรุงเทพฯ ต่อกองบังคับการป้องกันและปราบปรามการทุจริตและประพฤติมิชอบ (บก.ปปป.) สำนักงานตำรวจแห่งชาติ เป็นข้อหาการทุจริตเกี่ยวกับการทุจริตงบการศึกษาพระปริยัติธรรม แผนกสามัญศึกษา แผนกธรรม และแผนกบาลี และงบเผยแผ่พระพุทธศาสนา มีความเสียหายทั้งสิ้น 70 ล้านบาท
นำมาซึ่งปฏิบัติการตรวจค้นวัดดังมีชื่อเสียงและจับกุมพระชั้นผู้ใหญ่ 3 รูป ซึ่งเป็นกรรมการมหาเถรสมาคมในขณะนั้นคือ พระพรหมสิทธิ (ธงชัย สุขโข) วัดสระเกศ, พระพรหมเมธี (จํานงค์ เอี่ยมอินทรา) วัดสัมพันธวงศาราม และ พระพรหมดิลก (เอื้อน กลิ่นสาลี) วัดสามพระยา นอกจากนี้ ยังมีพระเถระที่มีความเกี่ยวข้องกับคดีคือ พระราชอุปเสณาภรณ์ (สังคม สังฆะพัฒน์) วัดสระเกศ พระราชกิจจาภรณ์ (เทอด วงศ์ชะอุ่ม) วัดสระเกศ, พระศรีคุณาภรณ์ (บุญทวี คํามา) วัดสระเกศ และ พระอรรถกิจโสภณ (สมทรง อรรถกฤษณ์) วัดสามพระยา
โดย พระพรหมสิทธิ (ธงชัย สุขโข) วัดสระเกศ และ พระพรหมดิลก (เอื้อน กลิ่นสาลี) วัดสามพระยา ถูกจับกุมตัว ส่วน พระพรหมเมธี เดินทางขอลี้ภัยไปประเทศเยอรมนี
ต่อมา วันที่ 30 พ.ค.2561 เว็บไซต์ราชกิจจานุเบกษา เผยแพร่ประกาศ เรื่องถอดถอนสมณศักดิ์พระและอดีตพระเถระที่ถูกดำเนินคดีปมเงินทอนวัดทั้งหมด
ในส่วนการดำเนินคดีในชั้นศาล เกี่ยวกับคดีเงินทอนวัด ศาลได้พิพากษายกฟ้อง และคดีถึงที่สุดแล้ว ทั้งคดีความผิดต่อ พ.ร.บ.ป้องกันและปราบปรามการฟอกเงิน คดีความผิดฐานสนับสนุนเจ้าพนักงานกระทำผิด ตามมาตรา 157 ประมวลกฎหมายอาญา โดยทุกคดีศาลพิพากษาแล้วว่าไม่มีความผิด และทุกคดีถึงที่สุดแล้ว
ในส่วนของพระพรหมดิลกและพระอรรถกิจโสภณนั้น ได้รับพระราชทานคืนสมณศักดิ์ไปแล้วก่อนหน้านี้
ล่าสุด วันที่ 16 พ.ค.2567 เว็บไซต์ ราชกิจจานุเบกษา เผยแพร่พระบรมราชโองการ ประกาศโปรดเกล้าฯ คืนสมณศักดิ์ พระพรหมสิทธิและพระศรีคุณาภรณ์ วัดสระเกศฯ หลังศาลมีคำพิพากษาคดีถึงที่สุดแล้ว ไม่ปรากฏว่ามีการทุจริต
