จากคดีเงินทอนวัดสะเทือนวงการสงฆ์ เมื่อกลางปี พ.ศ.2561 พ.ต.ท.พงศ์พร พราหมณ์เสน่ห์ ผอ.สำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ (ในขณะนั้น) เดินทางไปร้องทุกข์กล่าวโทษคดีทุจริตในพื้นที่กรุงเทพฯ ต่อกองบังคับการป้องกันและปราบปรามการทุจริตและประพฤติมิชอบ (บก.ปปป.) สำนักงานตำรวจแห่งชาติ เป็นข้อหาการทุจริตเกี่ยวกับการทุจริตงบการศึกษาพระปริยัติธรรม แผนกสามัญศึกษา แผนกธรรม และแผนกบาลี และงบเผยแผ่พระพุทธศาสนา มีความเสียหายทั้งสิ้น 70 ล้านบาท
นำมาซึ่งปฏิบัติการตรวจค้นวัดดัง มีชื่อเสียง และจับกุมพระชั้นผู้ใหญ่ 2 รูป ซึ่งเป็นกรรมการมหาเถรสมาคม
อย่างไรก็ตาม เมื่อวันที่ 15 ส.ค.2562 ศาลอุทธรณ์มีคำสั่งเรื่องการปล่อยตัวชั่วคราว พระพรหมสิทธิ (ธงชัย สุขโข) ตีราคาหลักประกัน 2.5 ล้านบาท และวันที่ 26 ส.ค.2562 ศาลอุทธรณ์มีคำสั่งเรื่องการปล่อยตัวชั่วคราว พระพรหมดิลก (เอื้อน กลิ่นสาลี) ตีราคาหลักประกัน 2 ล้านบาท
ศาลอุทธรณ์พิเคราะห์แล้วเห็นว่า จำเลยไม่ปรากฏพฤติการณ์ใดที่ส่อว่าจะหลบหนี ประกอบกับโจทก์ไม่คัดค้าน จึงอนุญาตให้ปล่อยจำเลยชั่วคราวในระหว่างพิจารณา และห้ามจำเลยเดินทางออกนอกราชอาณาจักร เว้นได้รับอนุญาตจากศาลชั้นต้น โดยให้ศาลชั้นต้นกำหนดเงื่อนไขให้จำเลยมารายงานตัวต่อศาลชั้นต้นทุก 1 เดือน ตามวันเวลาที่ศาลชั้นต้นกำหนด ไปจนกว่าศาลชั้นต้นจะมีคำพิพากษา

วันที่ 19 ก.พ.2563 ศาลอาญาคดีทุจริตและประพฤติมิชอบกลาง พิพากษาคดีทุจริตการจัดสรรเงินงบประมาณสำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ ว่า นายธงชัย สุขโข อดีตพระพรหมสิทธิ หรือธงชัย สุขญาโณ อดีตเจ้าอาวาสวัดสระเกศ ให้จำคุก 36 เดือน และปรับ 27,000 บาท โดยในส่วนของอดีตพระพรหมสิทธิ ศาลเห็นว่า ที่ผ่านมาได้ปฏิบัติหน้าที่ในการเผยแผ่ศาสนามาอย่างต่อเนื่อง และเป็นพระชั้นผู้ใหญ่ไม่เคยกระทำผิดทางวินัยเห็นควรให้รอการลงโทษไว้ 2 ปี

ต่อมาวันที่ 23 ก.ย.2563 ศาลอาญาคดีทุจริตและประพฤติมิชอบกลาง พิพากษาคดีเดียวกันว่า นายเอื้อน กลิ่นสาลี อดีต พระพรหมดิลก (เอื้อน หาสธัมโม) อดีตเจ้าอาวาสวัดสามพระยา ไม่มีความผิดตาม พ.ร.บ.ฟอกเงินฯ พิพากษาแก้เป็นยกฟ้อง
กระทั่งในปี พ.ศ.2564 อดีตพระเถระแห่งวัดสระเกศทั้ง 5 รูป ประกอบด้วย อดีตพระพรหมสิทธิ, อดีตพระราชกิจจาภรณ์, อดีตพระราชอุปเสณาภรณ์, อดีตพระศรีคุณาภรณ์ และอดีตพระครูสิริวิหารการ ที่เป็นข่าวโด่งดังในคดีเงินทอนวัด ไม่ได้มีความผิดเข้าข่ายอาบัติปาราชิก ซึ่งจะต้องทำให้พ้นจากความเป็นสงฆ์


เนื่องจากในคดีทุจริตการจัดสรรเงินงบประมาณ สำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ (พศ.) ในคำพิพากษาของศาล ระบุว่า ไม่พบความทุจริต ดังนั้น จึงไม่มีข้อใดเข้าข่ายที่จะต้องสละสมณเพศ คณะสงฆ์วัดสระเกศฯ จึงเห็นควรให้เข้ากลับคืนหมู่คณะสงฆ์วัดสระเกศฯ ต่อไป
เมื่อวันที่ 13 เม.ย.2564 ที่พระอุโบสถวัดสระเกศราชวรมหาวิหาร จัดประกอบพิธีเจริญชัยมงคลคาถา ในโอกาสพระภิกษุทั้ง 5 รูป อธิษฐานครองผ้าไตรจีวรรับเข้าหมู่สงฆ์ โดยมีคณะสงฆ์วัดสระเกศฯ เข้าร่วมพิธี
ทั้งนี้ หลังเสร็จสิ้นพิธี อดีตพระเถระทั้ง 5 รูปกลับมาห่มจีวร เดินกลับกุฏิสงฆ์ทันที
วันที่ 18 มี.ค.2566 เว็บไซต์ราชกิจจานุเบกษาเผยแพร่ประกาศสถาปนาสมณศักดิ์ ระบุว่า พระบาทสมเด็จพระวชิรเกล้า เจ้าอยู่หัว มีพระบรมราชโองการโปรดเกล้าโปรดกระหม่อมให้ประกาศว่า ตามที่พระพรหมดิลก (เอื้อน กลิ่นสาลี) ถูกกล่าวหาว่ากระทำผิดอาญา และได้มีพระบรมราชโองการถอดถอนสมณศักดิ์ เมื่อวันที่ 29 พฤษภาคม 2561 นั้น บัดนี้คดีถึงที่สุดแล้ว

จึงทรงพระกรุณาโปรดสถาปนาให้ พระมหาเอื้อน หาสธัมโม (เปรียญธรรม 9 ประโยค) ดำรงสมณศักดิ์ พระราชาคณะเจ้าคณะรอง มีราชทินนามตามที่จารึกในหิรัญบัฏว่า พระพรหมดิลก โดยให้ถือว่าไม่เคยถูกถอดถอนสมณศักดิ์ และราชทินนามมาก่อน
กรณีพระพรหมดิลก เป็นคดีเงินทอนวัดสะเทือนวงการสงฆ์ เมื่อกลางปี พ.ศ.2561
วันเดียวกัน ที่พระอุโบสถวัดสาม พระยา เจ้าหน้าที่สำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ เชิญหิรัญบัฏ พัดยศ และเครื่องประกอบสมณศักดิ์รองสมเด็จพระราชาคณะ ถวายแด่พระพรหมดิลก (เอื้อน หาสธัมโม)
วันที่ 16 พ.ค.2567 เว็บไซต์ราชกิจจานุเบกษาเผยแพร่พระบรมราชโองการ ประกาศโปรดเกล้าฯ คืนสมณศักดิ์พระพรหมสิทธิและพระศรีคุณาภรณ์ วัดสระเกศฯ หลังศาลมีคำพิพากษาคดีถึงที่สุดแล้ว ไม่ปรากฏว่ามีการทุจริต
บ่ายวันอาทิตย์ที่ 26 พ.ค. ที่พระอุโบสถวัดสระเกศ เขตป้อมปราบศัตรูพ่าย กรุงเทพฯ นายพิชิต ชื่นบาน รมต.ประจำสำนักนายกรัฐมนตรี (ในขณะนั้น) พร้อมคณะเจ้าหน้าที่สำนักอาลักษณ์และเครื่องราชอิสริยาภรณ์ และเจ้าหน้าที่สำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ ตั้งขบวนเชิญหิรัญบัฏ พัดยศ และเครื่องประกอบสมณศักดิ์รองสมเด็จพระราชาคณะ ถวายแด่พระพรหมสิทธิ (ธงชัย สุขญาโณ) เชิญสัญญาบัตร พัดยศ และถวายแด่พระศรีคุณาภรณ์ (บุญทวี คำมา) โดยมีคณะสงฆ์และคณะศิษยานุศิษย์เข้าร่วมพิธี


โดยขบวนเชิญหิรัญบัฏ พัดยศ และเครื่องประกอบสมณศักดิ์ เคลื่อนเข้าสู่พระอุโบสถ พระพรหมสิทธิจุดธูปเทียนบูชาพระรัตนตรัย จากนั้นนายพิชิตอ่านประกาศพระราชกิจจานุเบกษาสถาปนาสมณศักดิ์และพระราชทานสัญญาบัตรตั้งสมณศักดิ์ นายสมชาย พฤฒิกัลป์ ผู้ทรงคุณวุฒิด้านราชการในพระองค์ สำนักเลขาธิการคณะรัฐมนตรี ถวายสัญญาบัตรแด่พระพรหมสิทธิ และนายอินทพร จั่นเอี่ยม ผอ.สำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ ถวายพัดยศแด่พระพรหมสิทธิ
ลำดับต่อมา เจ้าหน้าที่จึงได้ถวายสัญญาบัตรพัดยศแด่พระศรีคุณาภรณ์ และพระครูสิริวิหารการ ตามลำดับ
ภายหลังเสร็จพิธี คณะสงฆ์และคณะศิษยานุศิษย์เป็นจำนวนมากเข้าถวายมุทิตาแด่พระพรหมสิทธิ
วันที่ 1 ธ.ค.2567 เว็บไซต์ราชกิจจานุเบกษาเผยแพร่พระบรมราชโองการ ประกาศพระราชทานสัญญาบัตร ตั้งสมณศักดิ์ 1.ให้พระมหาสังคม ญาณวัฑฒโน วัดสระเกศฯ เป็นพระราชาคณะชั้นราช มีนามว่า พระราชอุปเสณาภรณ์ 2.ให้พระมหาเทอด ญาณวชิโร วัดสระเกศฯ เป็นพระราชาคณะชั้นราชมีนามว่า พระราชกิจจาภรณ์ โดยให้ถือว่าไม่เคยถูกถอดถอนสมณศักดิ์และราชทินนามมาก่อน

พระพรหมสิทธิ (ธงชัย สุขญาโณ) สิริอายุ 68 ปี พรรษา 48
นามเดิม ธงชัย สุขโข เกิดวันพฤหัสบดีที่ 16 ก.พ.2499 ที่บ้านเลขที่ 19 หมู่ที่ 5 ต.เขาวง อ.พระพุทธบาท จ.สระบุรี
เข้าสู่ร่มเงาในบวรพุทธศาสนา ด้วยการบรรพชาเป็นสามเณร ที่วัดเขาวง จังหวัดสระบุรี สอบได้นักธรรมชั้นตรี-โท-เอก ตามลำดับ
อายุครบ 20 ปีบริบูรณ์ เข้าพิธีอุปสมบท ณ วัดสระเกศราชวรมหาวิหาร เขตป้อมปราบศัตรูพ่าย กรุงเทพฯ โดยมีสมเด็จพระพุฒาจารย์ วัดสระเกศ (เมื่อครั้งดำรงสมณศักดิ์ที่ พระพรหมคุณาภรณ์) เป็นพระอุปัชฌาย์
เมื่อครั้งเจ้าประคุณสมเด็จพระพุฒาจารย์ (เกี่ยว อุปเสโณ) อดีตเจ้าอาวาสวัดสระเกศและอดีตประธานคณะผู้ปฏิบัติหน้าที่สมเด็จพระสังฆราชยังมีชีวิตอยู่
พระพรหมสิทธิ (ธงชัย สุขญาโณ) เป็นศิษย์ผู้ใกล้ชิด ได้รับความไว้วางใจ และได้รับมอบหมายภารกิจ สนองงาน ทั้งในด้านการปกครอง การศึกษาการศึกษาสงเคราะห์ การเผยแผ่พระพุทธศาสนา การสาธารณูปการ และอื่นๆ อีกมากมาย

พระพรหมดิลก (เอื้อน หาสธัมโม) สิริอายุ 79 ปี พรรษา 57
นามเดิม เอื้อน กลิ่นสาลี เกิดวันที่ 13 ก.ค.2488 ที่บ้าน เลขที่ 116 หมู่ 6 ต.นครหลวง อ.นครหลวง จ.พระนครศรีอยุธยา
อุปสมบทเมื่อวันที่ 13 พ.ค.2510 ที่วัดมหาพล อ.นครหลวง จ.พระนคร ศรีอยุธยา มีเจ้าอธิการพัฒน์ ติสสสุวัณโณ วัดปรีดาราม จ.พระนครศรีอยุธยา เป็นพระอุปัชฌาย์
ภายหลังย้ายมาจำพรรษาอยู่ วัดสามพระยา รับผิดชอบด้านการศึกษาพระปริยัติธรรมแผนกบาลี เป็นครูสอนพระปริยัติธรรมแผนกบาลี ประโยค 7-8 ในสำนักเรียนวัดสามพระยา สนับสนุนและส่งเสริมให้พระภิกษุสามเณรเรียนบาลี