การเจรจาหาข้อยุติและแสวงหาความร่วมมือในประเด็นต่างๆ ระหว่างประเทศไทยกับกัมพูชาระหว่างนี้ เป็นไปตามบันทึกความเข้าใจหรือเอ็มโอยูที่ลงนามร่วมกันในปีพ.ศ.2543 และพ.ศ.2544
ทั้งการประชุมคณะกรรมการชายแดนหรือจีบีซี ที่ประเทศมาเลเซีย เห็นพ้องให้ยุติการหยุดและใช้กำลังระหว่างกัน หลังเกิดเหตุปะทะตามแนวชายแดน ก็ใช้กลไกทวิภาคีในกรอบนี้
ต่อมามีการประชุมคณะกรรมการชายแดนส่วนภูมิภาคหรืออาร์บีซีในระดับกองทัพภาค ซึ่งผลการประชุมแม้จะไม่สำเร็จทั้งหมด แต่ก็มีบรรยากาศที่ดี มีสัญญาณนำไปสู่การอยู่ร่วมกันอย่างสันติ
ระหว่างนี้ มีการประชุมระดับจีบีซีอีกครั้ง ซึ่งฝ่ายไทยเสนอความร่วมมือในการเก็บกู้ทุ่นระเบิดเพื่อมนุษยธรรม การปราบปรามอาชญากรรมทางเทคโนโลยีและการค้ามนุษย์ การบริหารจัดการพื้นที่ชายแดนกรณีสิ่งปลูกสร้างรุกล้ำ การลดความตึงเครียดโดยการถอนอาวุธที่ยิงเป็นพื้นที่ เป็นต้น
อย่างไรก็ตาม ในสภาผู้แทนราษฎร มีการเสนอญัตติเกี่ยวกับเอ็มโอยู 2543 และเอ็มโอยู 2544 เช่นกัน โดยมีสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรร่วมกันเสนอให้พิจารณารวม 5 ญัตติ
เพื่อให้ตั้งคณะกรรมาธิการวิสามัญศึกษาบันทึกความเข้าใจระหว่างรัฐบาลแห่งราชอาณาจักรไทยและรัฐบาลแห่งราชอาณาจักรกัมพูชา ว่าด้วยการสำรวจและการจัดทำหลักเขตแดนทางบกและทางทะเล ในกรณีเอ็มโอยูทั้ง 2 ฉบับนี้
จากนี้ไป คงจะได้ศึกษาพิจารณาข้อดีและข้อเสียอย่างรอบด้าน โดยเชิญฝ่ายความมั่นคง กองทัพ กระทรวงการต่างประเทศ รวมถึงผู้เชี่ยวชาญ นักวิชาการ ตลอดจนหน่วยงานที่เกี่ยวข้องมาให้ข้อมูล
นอกจากนี้ จักต้องเชิญบุคคล กลุ่มบุคคล ฝ่ายการเมือง ทั้งฝ่ายที่สนับสนุน ให้ยกเลิกไปเสียและคงไว้ต่อไปมาร่วมให้ข้อมูลและแสดงความคิดอย่างเต็มที่ เพื่อลดการเคลื่อนไหวที่อาจสร้างความไม่เข้าใจในหมู่ประชาชน
ขณะเดียวกัน ที่ประชุมวุฒิสภาก็มีมติตั้งคณะกรรมการวิสามัญพิจารณาศึกษาข้อดีข้อเสียการยกเลิกเอ็มโอยู 2543 และเอ็มโอยู 2544 แล้ว ซึ่งมีคณะกรรมาธิการทั้งจากสมาชิกวุฒิสภาและคนนอก โดยกำหนดระยะเวลาดำเนินการภายใน 90 วัน
ในส่วนพรรคการเมืองนั้น เป็นที่แน่ชัดว่าพรรคภูมิใจไทยและพรรคพลังประชารัฐ มีแนวทางให้ยกเลิกเอ็มโอยูทั้งสองฉบับนี้ โดยอ้างว่ามีข้อผิดพลาดหลายประการ และอยากให้จบลงที่การทำประชามติว่าจะเลือกแนวทางใด
ก่อนหน้านี้ ในสมัยรัฐบาลนายอภิสิทธิ์ เวชชาชีวะ ก็เห็นชอบในหลักการให้ยกเลิกมาแล้ว อ้างจากที่รัฐบาลกัมพูชา แต่งตั้งนายทักษิณ ชินวัตร เป็นที่ปรึกษาด้านเศรษฐกิจ จะส่งผลกระทบโดยตรงต่อการเจรจาภายใต้เอ็มโอยู 2544 แต่ก็ต้องล้มเลิกไป
ในขณะนี้ ถือว่าเอ็มโอยูทั้งสองฉบับยังเป็นเครื่องมือที่ยังทำให้ประเทศไทยและกัมพูชาเจรจากันได้ในระดับทวิภาคี ถ้าจะต้องยกเลิกไปจะต้องหาวิธีการหรือข้อตกลงอื่นใดที่ดีกว่าของทั้งสองชาติมาเป็นกรอบในการเจรจาด้วย
